今天是第期日报。
菌群产生的短链脂肪酸有望用于清除耐药性致病菌JournalofExperimentalMedicine[IF:10.79]
①未曾暴露于抗生素的菌群，对耐药性大肠杆菌、肺炎克雷伯菌和奇异变形杆菌等肠杆菌科临床菌株有抑制作用；②该抑制作用涉及结肠近端的酸化，以及短链脂肪酸（SCFA）介导的细胞内酸化过程的激活；③高浓度的SCFA以及酸性环境，可抵消O2和NO3呼吸作用为肠杆菌科增殖提供的适宜环境；④重建产SCFA的菌群有助于清除肠腔内的大肠杆菌、肺炎克雷伯菌和奇异变形杆菌，有望成为清除抗生素耐药性致病菌的潜在治疗手段。
Inhibitingantibiotic-resistantEnterobacteriaceaebymicrobiota-mediatedintracellularacidification-12-18,doi:10./jem.1639
肠杆菌科致病菌的抗生素耐药性威胁感染治疗有效性的。本研究发现，正常肠道菌群对肠杆菌科致病菌的定殖抗性，部分来源于短链脂肪酸介导的细胞酸化作用，而重建产短链脂肪酸的菌群有助于清除肠道内的耐药肠杆菌。本文结果对研究定殖抗性的作用机制、研发抗感染疗法、控制抗生素耐药性都有借鉴价值。（
小肠君）何处寻觅新型抗生素？（综述）BiotechnologyAdvances[IF:11.]
①通过基因组挖掘和功能筛选，在-17年间发现了种抗细菌分子，分别来动植物、昆虫免疫系统以及土壤/根系、海洋、极地、瘤胃和肠道微生物；②针对革兰氏阴性细菌的抗菌药物研发迫在眉睫；③在寻找潜在抗菌物质的同时，采取立法、行*措施保护国家遗传资源，确保利益共享；④合成生物学技术手段在药物生产、致病菌快速检测领域可发挥作用；⑤进一步管控抗生素耐药性，有赖于研发窄谱抗菌药物、噬菌体疗法、药物轮替以及加强耐药性监测。
Hiddenantibiotics:Wheretouncover?-10-17,doi:10./j.biotechadv..10.
新抗菌物质和抗感疗法的研发迫在眉睫。通过回顾-年间发现的种新抗菌分子，本综述总结了寻找抗菌物质的方法，强调了宏基因组数据分析在定位潜在抗菌分子中的重要贡献。同时归纳了合成生物学、噬菌体疗法、窄谱抗菌药物研发等技术在治疗感染、防控抗生素耐药性过程中的潜在价值。本文对开发新型抗菌药物、管控抗生素耐药性具有参考价值。（
小肠君）Cell：肠-脑轴如何连接食物与行为Cell[IF:31.]
①动物通过适应性行为响应食物摄取，肠-脑轴可能在相关的行为调节中起作用；②鉴定出秀丽隐杆线虫的肠道5-羟色胺能神经元NSM可被食物摄取激活；③发现2种新型且保守的酸感知离子通道（ASIC）——DEL-7及DEL-3，介导了食物摄取引起的NSM神经元活化；④当线虫进食时，激活NSM神经元可减缓其运动速度；⑤DEL-7上的特定点突变可改变NSM神经元的动态及相关的线虫行为动态。
ASICsMediateFoodResponsesinanEntericSerotonergicNeuronthatControlsForagingBehaviors-12-14,doi:10./j.cell..11.
Cell上发表的一项最新研究，在线虫中鉴定出了一种肠道5-羟色胺能神经元NSM，可被食物摄取激活，从而调节线虫的行为，而食物摄取对神经元的激活是由两种酸感知离子通道（ASIC）所介导的。（
沈志勋）菌群-肠-脑轴的机制及临床意义（综述）ClinicalGastroenterologyandHepatology[IF:7.]
①肠道和脑之间通过涉及神经、内分泌和炎症机制的通路进行双向沟通，肠道屏障和血脑屏障通透性的变化影响肠-脑轴；②脑与肠道菌群的互作在生命前3年（包括产前）开始发育并持续到成年阶段，且受到出生方式、营养、抗生素和生活压力的影响；③肠-脑轴的破坏可促进神经发育障碍相关疾病的发病，包括IBS、自闭症、焦虑、多动症、肥胖等；④肠-脑轴或可成为相关疾病新药开发的靶点，“精神益生菌”（psychobiotics）或可用于调节脑功能及行为。
TheGut-BrainAxisandtheMicrobiome:MechanismsandClinicalImplications-10-04,doi:10./j.cgh..10.
来自ClinicalGastroenterologyandHepatology发表的一篇综述文章，详细介绍了菌群-肠-脑轴的互作机制，并讨论了肠道菌群与脑的互作在相关疾病的发病及治疗中的作用。（
沈志勋）Lancet：一种或可改善非酒精性脂肪性肝炎的新药Lancet[IF:53.]
①Pegbelfermin是一种聚乙二醇化的成纤维细胞生长因子21（FGF21）类似物；②75名超重/肥胖非酒精性脂肪性肝炎（NASH）患者随机分为3组，分别接受高、低剂量的Pegbelfermin治疗或安慰剂治疗；③相比于接受安慰剂治疗的NASH患者，接受Pegbelfermin治疗的患者的酒精肝分数显著降低；④大多数不良事件较轻，最常见的不良事件为腹泻及恶心，无死亡、因不良事件中断治疗或治疗相关的严重不良事件。
Pegbelfermin(BMS-),aPEGylatedfibroblastgrowthfactor21analogue,inpatientswithnon-alcoholicsteatohepatitis:arandomised,double-blind,placebo-controlled,phase2atrial-12-22,doi:10./S-(18)-9
先前研究表明，Pegbelfermin（一种聚乙二醇化的FGF21类似物）可改善2型糖尿病肥胖患者的代谢及肝纤维化标志物。Lancet上发表的一项最新2a期临床试验结果，发现该药物可显著改善超重/肥胖非酒精性脂肪性肝炎患者的脂肪肝分数。（
沈志勋）有氧运动+饮食干预，改善认知障碍老人的执行能力Neurology[IF:7.]
①名非痴呆型认知障碍（CIND）和心血管疾病（CVD）的老年人，被随机分为有氧运动（AE）组、预防高血压的饮食方式（DASH）组、AE+DASH结合干预组和卫生教育（HE）组，实施为期6个月的随机临床试验；②AE组的执行能力比DASH组有显著改善；③相较于HE组，执行能力相关改善最显著的是AE+DASH结合组；④执行能力的改善与增加有氧运动、降低钠摄入以及CVD风险降低相关；⑤所有干预措施均无法显著改善记忆和语言流利程度。
Lifestyleandneurocognitioninolderadultswithcognitiveimpairments:Arandomizedtrial-12-19,doi:10./WNL.
认知障碍严重影响老年人生活质量。本文通过一项涉及名55岁以上认知障碍患者的研究，发现相较与特定的饮食干预，有氧运动对改善认知障碍人群的执行力效果更显著，而锻炼与饮食相结合的方式对改善执行力最为有效。（
小肠君）噬菌体新成员——分离自海洋的远洋杆菌vSAG37-F6噬菌体ISMEJournal[IF:9.52]
①难培养病*vSAG37-F6分离自地中海，是在海面分布得最为广泛的双链DNA病*之一；②在地中海分离的远洋杆菌基因组中，发现vSAG37-F6病*类群的成员；③来自南太平洋和大西洋的其他3株远洋杆菌中，也发现了同一类群的其他病*；④这些新发现的难培养远洋杆菌噬菌体，在基因组成上有别于之前报道的病*株；⑤这些难培养的vSAG37-F6噬菌体，在光照海面环境中分布地更为广泛，其基因组的多样性非常客观。
Single-cellgenomicsuncoverPelagibacterastheputativehostoftheextremelyabundantuncultured37-F6viralpopulationintheocean-09-18,doi:10./s---7
明确病*-宿主关系对建立精确的环境模型非常重要。本研究从远洋杆菌基因组中发现了噬菌体vSAG37-F6家族成员，验证了其分布的广泛性和基因的多样性，对研究海洋菌群和病*组具有参考价值。（
小肠君）利用宏基因组数据重建微生物泛基因组Bioinformatics[IF:5.]
①MSPminer横向比较不同样品宏基因组组成和丰度差异，通过聚类的方法确定核心基因和可变基因，前者适用于物种水平的分类学分析，后者则可用于比较不同样本间的菌株差异；②该工具在C++中实现，具有优异的运行速度，可在几小时内描绘出多达个物种的基因库；③与Canopy聚类算法相比，二者具有相当的精度，但是MSPminer的灵敏度显著提高，且避免了过度分组的情况，有利于下游分析；④可广泛用于肠道菌群和环境样品宏基因组分析。
MSPminer:abundance-basedreconstitutionofmicrobialpan-genomesfromshotgunmetagenomicdata-09-25,doi:10./bioinformatics/bty
宏基因组数据分析通常会受到参考基因组有限的阻碍(使用分箱、培养组学等方法可以解决一部分)。MSPminer采用了一种新的思路，不再执着于构建某一物种的基因组，转而通过对丰度相同的基因聚类构建泛基因组(Pan-genome)，并区分核心基因组和可变基因组基因。所得结果可用于下游的定性和定量分析。（
gaoch）感谢本期日报的创作者：小肠君，恒，沈志勋，吴芹，奇奇，gaoch
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